ระหว่างสงครามกลางเมืองอเมริกา (2404-8) สหพันธรัฐอเมริกาเริ่มใช้ธงดวงแรกดวงดาวและบาร์ในวันที่ 5 มีนาคม ค.ศ. 1861 หลังจากการรบครั้งแรกของโครันเมื่อความคล้ายคลึงกันระหว่างดวงดาวและบาร์ Union Stars and Stripes ทำให้มันยากสำหรับกองกำลังที่จะแยกแยะเพื่อนจากศัตรูผู้บัญชาการร่วมใจกระทรวงมหาดไทยสำหรับธงใหม่ ในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1861 มีการออกธงสัมพันธมิตรเป็นครั้งแรก แม้ว่าการเปลี่ยนแปลงของรูปแบบธงการต่อสู้มีมากมายและแพร่หลาย แต่การออกแบบที่พบมากที่สุดที่รู้จักกันในชื่อ“ Southern Cross” เป็นจุดเด่นของไขว้สีน้ำเงิน (เส้นทแยงมุม) ตัดด้วยสีขาวและมีดาวสีขาว 13 ดวงแทน 11 รัฐ สมาพันธรัฐรวมถึงรัฐมิสซูรี่และรัฐเคนตักกี้ - บนทุ่งสีแดง ธงการต่อสู้เป็นสี่เหลี่ยมแทนที่จะเป็นสี่เหลี่ยมและขนาดแตกต่างกันไปขึ้นอยู่กับสาขาการให้บริการตั้งแต่ 48 นิ้ว (120 ซม.) สำหรับทหารราบไปจนถึง 30 นิ้ว (76 ซม.) สำหรับทหารม้า
การออกแบบของดวงดาวและบาร์แตกต่างกันในสองปีต่อมา ในวันที่ 1 พฤษภาคม ค.ศ. 1863 สหพันธ์ได้นำธงประจำชาติอย่างเป็นทางการครั้งแรกซึ่งมักเรียกว่าแบนเนอร์สแตนเลส การออกแบบนั้นผสมผสาน Battle Flag เป็นมณฑลหนึ่งบนสนามสีขาว เมื่อเวลาผ่านไปการออกแบบเข้ามาวิจารณ์เพราะการแสดงของทุ่งกว้างสีขาวอาจตีความได้ว่าเป็นการประกาศการยอมแพ้ การดัดแปลงของการออกแบบนั้นถูกนำมาใช้ในวันที่ 4 มีนาคม ค.ศ. 1865 ประมาณหนึ่งเดือนก่อนสิ้นสุดสงคราม แบนเนอร์สีเลือดเรียกว่าเพิ่มแถบสีแดงแนวตั้งในการออกแบบปี 1863
หลังจากสงครามธงสัมพันธมิตรจะยังคงเป็นสัญลักษณ์ที่เป็นที่รู้จักมากที่สุดของสหพันธ์รัฐอเมริกา สถานะของรัฐมิสซิสซิปปี้รวมธงการต่อสู้เป็นมณฑลในขณะที่ธงของจอร์เจียในการเรียงสับเปลี่ยนต่าง ๆ รวมถึงองค์ประกอบของทั้งธงรบและดวงดาวและบาร์ เริ่มต้นในช่วงหลังของศตวรรษที่ 20 หลายกลุ่มในภาคใต้ท้าทายการฝึกบินธงสัมพันธมิตรบนอาคารสาธารณะรวมถึงเมืองหลวงของรัฐบางแห่ง ผู้เสนอประเพณีอ้างว่าธงระลึกถึงมรดกภาคใต้และการเสียสละในช่วงสงครามในขณะที่ฝ่ายตรงข้ามมองว่าเป็นสัญลักษณ์ของชนชาติและทาสซึ่งไม่เหมาะสมสำหรับการจัดแสดงอย่างเป็นทางการ
