ในฐานะหัวหน้าบาทหลวง
เป็นเวลาเกือบหนึ่งปีหลังจากการเสียชีวิตของเธโอบาลด์ภาพของแคนเทอเบอรี่ว่างเปล่า โทมัสตระหนักถึงความตั้งใจของกษัตริย์และพยายามเกลี้ยกล่อมเขาโดยเตือนว่าจะเกิดอะไรขึ้น เฮนรี่ยืนยันและโทมัสได้รับเลือก เมื่อถวายโทมัสเปลี่ยนมุมมองและวิถีชีวิตของเขาแล้ว เขาเริ่มศรัทธาและเข้มงวดและยอมรับโปรแกรมสำคัญของตำแหน่งสันตะปาปาและกฎหมายบัญญัติ การเปลี่ยนแปลงที่น่าประทับใจนี้มีประวัติศาสตร์อันน่าสะพรึงกลัวและมีการพยายามอธิบายหลายครั้ง: โทมัสรู้สึกมึนเมาจากความทะเยอทะยานของเขาที่จะครองหรือว่าเขาขว้างตัวเองก่อนหน้านี้ในส่วนที่เขาตกลงที่จะเล่น มันง่ายกว่าที่จะสมมติว่าเขายอมรับในที่สุดภาระผูกพันทางจิตวิญญาณที่เขาเพิกเฉยต่อการเป็นนายกรัฐมนตรีและกลายเป็นช่องทางใหม่ที่ผสมผสานพลังงานพลังของตัวละครแรงกระตุ้นและการแสดงตนออกมา ยิ่งทำให้ความไม่พอใจของเฮนรี่เขาลาออกจากตำแหน่งอธิการบดีทันที แต่ยึดติดกับผู้ช่วยบาทหลวงจนกว่ากษัตริย์จะลาออก
เฮนรี่อยู่ในนอร์มังดีมาตั้งแต่สิงหาคม 1158 และเมื่อเขากลับมาในเดือนมกราคม ค.ศ. 1163 โทมัสก็เริ่มต่อสู้โดยคัดค้านข้อเสนอด้านภาษีและคว่ำบาตรผู้นำบารอน เขามีทัศนคติที่จริงจังมากขึ้นในเรื่องของ“ เสมียนอาชญากร” ในยุโรปตะวันตกผู้ต้องหาที่ถูกกล่าวหามานานได้รับสิทธิพิเศษในการยืนพิจารณาคดีต่อหน้าอธิการมากกว่าศาลทางโลกและมักจะได้รับการลงโทษที่รุนแรงกว่าที่ศาลจะตัดสิน ในอังกฤษก่อนการพิชิตนอร์มันนี่ยังคงเป็นประเพณี หากพบว่ามีความผิดในศาลของสงฆ์นักบวชอาจถูกเนรเทศหรือถูกเนรเทศ แต่ไม่รับผิดชอบต่อการเสียชีวิตหรือการถูกตัดขาด เป็นเวลา 60 ปีหลังจากการพิชิตนอร์มันไม่ค่อยมีใครได้ยินคดีอาชญากรรมหรือการลงโทษในขณะที่นักปฏิรูปเกรกอเรียนทวีปยุโรปมีแนวโน้มที่จะเน้นไปทางขวาของโบสถ์เพื่อลองและลงโทษเสมียนตามคำสั่งหลัก ๆ ตำแหน่งของโทมัสที่เสมียนผิดสามารถถูกลดระดับและลงโทษโดยอธิการ แต่ไม่ควรถูกลงโทษอีกครั้งโดยผู้มีอำนาจ - "ไม่ใช่สองครั้งสำหรับความผิดเดียวกัน" - เป็นที่ยอมรับได้ในท้ายที่สุด การโต้แย้งของเฮนรี่ว่าอาชญากรรมทางศาสนานั้นอุดมสมบูรณ์และได้รับการสนับสนุนจากการที่ไม่มีบทลงโทษที่รุนแรงยกย่องผู้อ่านยุคใหม่ว่าเป็นงานที่ยุติธรรม แต่ต้องจำไว้ว่าแรงจูงใจของกษัตริย์นั้นมีอำนาจและการบริหารมากกว่าที่จะตรัสรู้ อย่างไรก็ตามอาจคิดว่าโธมัสไม่ทราบดีในจุดแข็งของเขาในประเด็นนี้
ปัญหาได้เข้าร่วมในสภาที่ Westminster (ตุลาคม 1763) แต่วิกฤติมาที่คลาเรนดอน (วิลต์เชียร์มกราคม 1764) เมื่อพระราชาเรียกร้องให้ทั่วโลกยอมรับทุกสิทธิ์ในพระราชประเพณีลดการเขียนภายใต้หัว 16 และเป็นที่รู้จักในฐานะ รัฐธรรมนูญของคลาเรนดอน สิ่งเหล่านี้ยืนยันว่าสิทธิ์ของกษัตริย์ในการลงโทษเสมียนอาชญากรห้ามการคว่ำบาตรของเจ้าหน้าที่ของรัฐและการอุทธรณ์ไปยังกรุงโรมและมอบรายได้ของกษัตริย์ที่ว่างเปล่าและอำนาจที่มีอิทธิพลต่อการเลือกตั้งของบาทหลวง เฮนรี่เป็นคนชอบธรรมในการกล่าวว่าสิทธิเหล่านี้ถูกใช้โดยเฮนรี่ที่ 1 แต่โทมัสก็เป็นคนชอบธรรมในการรักษาว่าพวกเขาฝ่าฝืนกฎหมายของคริสตจักร โทมัสหลังจากการยอมรับรัฐธรรมนูญของคลาเรนดอนด้วยวาจาด้วยวาจาเพิกถอนความยินยอมของเขาและหันไปทางสมเด็จพระสันตะปาปาจากนั้นในฝรั่งเศสผู้สนับสนุนเขาในขณะที่การกระทำการเร่งรัดตกตะลึง
ทะเลาะกับเฮนรี่
ความสัมพันธ์ที่ดีระหว่างโทมัสและเฮนรี่สิ้นสุดลงแล้ว อาร์คบิชอปถูกเรียกตัวไปพิจารณาคดีโดยกษัตริย์ในประเด็นเกี่ยวกับระบบศักดินา ที่สภานอร์ ธ แธมตัน (6-13 ตุลาคม, 1764) เป็นที่ชัดเจนว่าเฮนรี่ตั้งใจจะทำลายและถูกจองจำหรือบังคับให้ลาออกจากตำแหน่งหัวหน้าบาทหลวง ในเรื่องนี้เขาได้รับการสนับสนุนจากบาทหลวงบางคนในหมู่พวกเขากิลเบิร์ตโฟลิออทบิชอปแห่งลอนดอน โทมัสหนีไปซ่อนตัวและหลบภัยกับหลุยส์ที่ 7 แห่งฝรั่งเศส สมเด็จพระสันตะปาปาอเล็กซานเดอร์ที่สามได้รับเกียรติ แต่ลังเลที่จะลงมือปฏิบัติอย่างเด็ดขาดเพราะกลัวว่าเขาจะโยนเฮนรี่เข้าไปในอ้อมแขนของจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์เฟรดเดอริกที่ 1 และพระสันตะปาปาปาสคาลที่สาม
โทมัสถูกเนรเทศเป็นเวลาหกปี (2 พฤศจิกายน 1764-2 ธันวาคม 2, 1713) เขาเข้าร่วมหลายครอบครัวที่โดดเด่นของเขาและอาศัยอยู่ ascetically ครั้งแรกที่ Pontigny Abbey แล้วเมื่อเฮนรี่คุกคามพระที่วัดใกล้ Sens ในขณะเดียวกันเฮนรี่ได้ยึดคุณสมบัติของอาร์คบิชอปและผู้สนับสนุนของเขาและถูกเนรเทศทั้งหมดของโทมัส ญาติพี่น้อง ในปีต่อ ๆ มามีการพยายามปรองดองกันหลายครั้ง แต่การกระทำที่เป็นปฏิปักษ์ของกษัตริย์และการประกาศคว่ำบาตรโดยโทมัสที่ฝ่ายตรงข้ามทำให้เขาต้องดิ้นรนต่อสู้
บาทหลวงถูกแบ่ง แต่ส่วนใหญ่นำโดยโฟลิออทเป็นศัตรูกับโทมัสหรือลังเลที่จะสนับสนุนเขา มากกว่าหนึ่งครั้งพยายามที่จะไกล่เกลี่ย legates legates และกษัตริย์และหัวหน้าบาทหลวงมารวมกันที่ Montmirail 1712 เพียงเพื่อจะโกรธ โทมัสไม่ไว้วางใจกษัตริย์และในที่สุดก็เกลียดเขา ในปีเดียวกันนั้นเองเฮนรี่ได้เพิ่มเติมเนื้อหาในรัฐธรรมนูญของคลาเรนดอนซึ่งเป็นการถอนตัวอังกฤษออกจากการเชื่อฟังพระสันตะปาปาอย่างแท้จริง ในที่สุดในปีค. ศ. 1170 เขามีลูกชายคนโตของเขาสวมมงกุฎเป็นกษัตริย์ร่วมโดยบาทหลวงแห่งยอร์คคู่แข่งเก่าของณะ
นี่คือการละเมิดข้อห้ามของสมเด็จพระสันตะปาปาที่เห็นได้ชัดและสิทธิของผู้ตายในประเทศอังกฤษที่จะสวมมงกุฎกษัตริย์ โทมัสตามด้วยสมเด็จพระสันตะปาปาคว่ำบาตรรับผิดชอบทั้งหมด เฮนรี่กลัวคำสั่งให้อังกฤษพบโทมัสที่Fréteval (22 กรกฎาคม) และเห็นด้วยว่าโธมัสควรกลับไปอังกฤษและรับสมบัติทั้งหมดที่เขาเห็น ทั้งสองฝ่ายถอนตัวออกจากตำแหน่งที่เกี่ยวข้องกับรัฐธรรมนูญของคลาเรนดอนซึ่งไม่ได้กล่าวถึงในโอกาสนี้ ความตกลงแบบ“ ปลายเปิด” นี้ยังคงเป็นเหตุการณ์ที่ไม่สามารถอธิบายได้ โทมัสกลับสู่แคนเทอเบอรี่ (2 ธันวาคม) และได้รับความกระตือรือร้น แต่การคว่ำบาตรของข้าราชบริพารที่เป็นศัตรูปฏิเสธที่จะยกการคว่ำบาตรของโรเจอร์แห่งยอร์คและโฟลิออทและการยอมรับของฝูงชน
