บอสเนียซึ่งมีประชากรหลากหลายเชื้อชาติไม่เคยพัฒนาสัญลักษณ์ประจำชาติที่โดดเด่นของตนเอง ภายใต้การนำของยูโกสลาเวียจากพรรคคอมมิวนิสต์ในปี 2489 ถึง 2534-35 เช่นสาธารณรัฐสังคมนิยมบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนาใช้ธงแดงพร้อมธงชาติยูโกสลาเวียรุ่นเล็ก ๆ ในมณฑล ในช่วงเวลาประกาศเอกราชเมื่อวันที่ 3 มีนาคม 2535 ไม่มีธงชาติใดที่เป็นที่ยอมรับของบอสเนีย Serbs และ Croats ของประเทศ รัฐบาลที่ปกครองโดยชาวบอสเนียจึงใช้สิ่งที่หวังว่าจะเป็นสัญลักษณ์ที่เป็นกลางจากอดีตอันไกลโพ้น มันเลือกเสื้อคลุมแขนที่ใช้โดยกษัตริย์ Stjepan Tomaš (ครองราช 1443–61) ซึ่งประกอบกับผู้ปกครองชาวบอสเนียในยุคกลางที่ยิ่งใหญ่ที่สุด Tvrtko I (1377-91) โล่สีน้ำเงินนั้นที่มีแถบทแยงสีขาวซึ่งแยกเป็นสีทองหก fleurs-de-lis วางอยู่ตรงกลางธงสีขาว ความหมายทางศิลปะที่นำมาใช้อย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 4 พฤษภาคม 1992 ถูกสร้างขึ้นโดย Zvonimir Bebek
ธงนี้ถูกปฏิเสธโดย Croats และ Serbs เป็นจำนวนมากเมื่อประเทศเข้าสู่สงครามกลางเมือง สนธิสัญญาสันติภาพลงนามในเดย์ตันโอไฮโอสหรัฐอเมริกาในปลายปี 2538 ได้ยอมรับการแบ่งประเทศระหว่างสาธารณรัฐเซิร์บและสหพันธรัฐบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนามักเรียกว่าสหพันธรัฐโครเอเชีย - มุสลิม แต่ละรัฐมีสัญลักษณ์ของตัวเองและ Croats ยังคงใช้ธงโครเอเชียในการตั้งค่าธงสหพันธรัฐ แต่ธงของสาธารณรัฐของปี 1992 ก็ยังจำได้ในระดับสากล
ความเห็นพ้องต้องกันในปี 1995 เรียกร้องให้มีการสร้างธงในที่สุดเพื่อแทนที่การออกแบบในปี 1992 แต่สภานิติบัญญัติแห่งชาติไม่ประสบผลสำเร็จในเรื่องนี้ ดังนั้นสหประชาชาติจึงสร้างธงใหม่ (4 กุมภาพันธ์ 1998) ที่ไม่สามารถเชื่อมโยงเชิงสัญลักษณ์กับกลุ่มชาติพันธุ์ศาสนาหรือกลุ่มการเมืองเดียว
