โบสถ์ออร์โธดอกญี่ปุ่นของญี่ปุ่นซึ่งปกครองตนเองของนิกายอีสเติร์นออร์โธด็อกซ์ซึ่งเป็นที่ยอมรับในความสัมพันธ์กับปรมาจารย์แห่งมอสโกซึ่งยืนยันการเลือกตั้งของกรุงโตเกียว คริสตจักรออร์โธดอกญี่ปุ่นถูกสร้างขึ้นโดยความพยายามของมิชชันนารีที่มีชื่อเสียง Nikolay Kasatkin (1836–1912) ซึ่งต่อมาได้กลายเป็นบาทหลวงออร์โธดอกซ์แห่งแรกของญี่ปุ่นและได้กลายเป็นนักบุญในปี 1970
ตั้งแต่จุดเริ่มต้นของภารกิจ (1872) คริสตจักรไม่เคยพึ่งพาบุคลากรมิชชันนารีต่างชาติ นักบวชญี่ปุ่นได้รับการแต่งตั้งหลังจากได้รับการฝึกฝนในเซมินารีในโตเกียวและการชุมนุมของนักบวชและฆราวาสอยู่ในการควบคุมกิจการของโบสถ์ ตัวละครดั้งเดิมของญี่ปุ่นออร์โธดอกซ์ญี่ปุ่นได้รับอนุญาตให้อยู่รอดในการทดลองทางการเมืองและช่วงเวลาแห่งความโดดเดี่ยวเช่นสงครามรัสเซีย - ญี่ปุ่นและสงครามโลกครั้งที่สอง ระหว่างปีค. ศ. 1945 และ 1970 คริสตจักรอยู่ภายใต้เขตอำนาจของพระสงฆ์ในรัสเซียเมืองหลวงของอเมริกา ในปี พ.ศ. 2513 ได้รับพระราชบัญญัติปกครองตนเองแบบถาวรจากปรมาจารย์แห่งมอสโกซึ่งเป็นโบสถ์แม่ มหาวิหารออร์โธด็อกซ์ของโตเกียว - เรียกว่าวิหารนิโคเลย์สำหรับผู้ก่อตั้งนิโคเลย์คาซาตกิน - เป็นหนึ่งในอาคารทางศาสนาที่ใหญ่ที่สุดในเมืองหลวงของญี่ปุ่น โบสถ์แห่งนี้มีสมาชิกประมาณ 30,000 คนมีเหรียญตราในโตเกียวเคียวโตะและเซ็นได
