มอลโดวาประกาศอิสรภาพระหว่างสงครามโลกครั้งที่ 1 หลายครั้งในศตวรรษก่อนมันเป็นส่วนหนึ่งของมอลโดวารัสเซียจักรวรรดิออตโตมันและโรมาเนียและสัญลักษณ์มาจากการเชื่อมโยงทางประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมกับมอลโดวาและโรมาเนีย ธงของเดือนธันวาคม พ.ศ. 2460 เป็นธงสามมิติแบบดั้งเดิมของโรมาเนียสีฟ้าสีเหลืองและสีแดงในรูปแบบแนวนอน ตรงกลางเป็นหัวของ aurochs วัวยุโรปที่สูญพันธุ์ ธงนี้บินเพียงช่วงสั้น ๆ เนื่องจากมอลโดวาถูกรวมเข้าไปในโรมาเนียในเดือนเมษายน 1918 สหภาพโซเวียตได้ซื้อมอลโดวาในปี 2483 และหลังจากการยึดครองของเยอรมันและโรมาเนียผ่าน 2487 สาธารณรัฐมอลโดวาโซเวียตสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตก็สถาปนาขึ้นใหม่ ธงที่โดดเด่นของมันนำมาใช้ในปี 1952 เพิ่มแถบแนวนอนสีเขียวผ่านศูนย์กลางของธงแดงของสหภาพโซเวียต กรีนได้รับการกล่าวขานว่าเป็นตัวแทนของการปลูกองุ่นและกิจกรรมการเกษตรอื่น ๆ ในพื้นที่
ในปี 1989 ความปั่นป่วนต่อการปกครองของคอมมิวนิสต์นั้นแข็งแกร่งในมอลโดวาและโรมาเนียสามสีฟ้า - เหลือง - แดงกลายเป็นสัญลักษณ์ที่ได้รับความนิยม มันเปลี่ยนธงคอมมิวนิสต์อย่างเป็นทางการในเดือนพฤษภาคม 2533 เสื้อคลุมแขนใหม่ของมอลโดวาซึ่งมีพื้นฐานมาจากการออกแบบแบบดั้งเดิมได้เพิ่มเข้ามาในวันที่ 3 พฤศจิกายนของปี: บนหน้าอกของนกอินทรีเป็นโล่ที่มีหัวของ aurochs ล้อมรอบด้วยเสี้ยว ดาวและดอกไม้ สัญลักษณ์ดั้งเดิมของดินแดนแห่งโรมาเนียของ Walachia, นกอินทรีถือคทาและกิ่งมะกอกในกรงเล็บของมันและข้ามในปากนก สีแดงสีน้ำเงินและสีทองของโล่สะท้อนไตรรงค์แห่งชาติ ธงยังคงเป็นทางการหลังจากความเป็นอิสระของมอลโดวาในปี 1991
