ก่อนหน้านี้เป็นอาณานิคมของอังกฤษเซเชลส์กลายเป็นอิสระในวันที่ 29 มิถุนายน 2519 ธงที่ยกขึ้นในเวลานั้นมีรูปสามเหลี่ยมสลับสีน้ำเงินและแดงคั่นด้วยกากบาทสีขาว อาจไม่เหมือนกันโดยทั่วไปธงนั้นเกือบจะเหมือนกับธงที่ใช้โดย บริษัท Steam Steam ของออสตราเลเซียนยูไนเต็ดซึ่งมีเรือมาเยี่ยมเกาะเป็นประจำในต้นศตวรรษที่ 20 ธงไม่นาน: การปฏิวัติเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 5 มิถุนายน 2520 ภายใต้การนำของพรรคยูไนเต็ดเซเชลส์ประชาชน (SPUP) เซเชลส์ ธงใหม่มีแถบแนวนอนสีแดงมากกว่าสีเขียวคั่นด้วยแถบสีขาวหยักซึ่งเป็นเช่นเดียวกับธง SPUP ยกเว้นการละเว้นของดวงอาทิตย์สีเหลืองในศูนย์
ในปี 1993 แรงกดดันจากมหาอำนาจต่างชาตินำไปสู่การทำให้เป็นประชาธิปไตยของรัฐบาล พรรคผู้ปกครองสูญเสียการผูกขาดในการเลือกตั้งและการมีส่วนร่วมของพรรคอื่น ๆ ในรัฐบาลทำให้เกิดความต้องการธงประจำชาติของพรรคพวกน้อย รัฐสภาอนุมัติการออกแบบที่รวมสีของฝ่ายต่างๆในธงที่ถูกยกขึ้นเมื่อวันที่ 18 มิถุนายน 1996 สีของธงเป็นสีน้ำเงิน (สำหรับท้องฟ้าและทะเล), สีเหลือง (สำหรับดวงอาทิตย์ให้ชีวิต), สีแดง (สำหรับ ผู้คนและงานของพวกเขาเพื่อความสามัคคีและความรัก) สีขาว (เพื่อความยุติธรรมทางสังคมและความสามัคคี) และสีเขียว (สำหรับที่ดินและสภาพแวดล้อมทางธรรมชาติ)
