ในการเป็นตัวแทนทางศิลปะที่แตกต่างกันอาคารกลางของนครวัดปรากฏบนธงชาติเขมรตั้งแต่ศตวรรษที่ 19 ในยุคแรก ๆ ของอารักขาฝรั่งเศสเหนือกัมพูชา ธงแรกมีสีแดงล้อมรอบด้วยสีน้ำเงินกับวัดในสีขาว ธงเป็น "ทันสมัย" ในปี 1948 โดยการนำแถบแนวนอนที่ไม่เท่ากันของสีน้ำเงินเข้มสีแดงและสีน้ำเงินเข้มมาใช้และวัดได้เปลี่ยนให้สอดคล้องกับต้นฉบับมากขึ้น ธงดังกล่าวยังคงใช้งานอยู่หลังจากกัมพูชากลายเป็นอิสระ อย่างไรก็ตามการสิ้นสุดของระบอบกษัตริย์และการประกาศของสาธารณรัฐเขมรส่งผลให้เกิดสถานะใหม่ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2513 "ธงแกนกลาง" กลายเป็นมณฑลในขณะที่สนามเป็นสีฟ้าที่มีดาวสีขาวสามดวง
กบฏคอมมิวนิสต์ใช้ธง 2491-70 แต่เข้ามามีอำนาจในเดือนเมษายน 2518 ใต้ธงแดงธรรมดา เมื่อพรรคประชาธิปไตยกัมพูชาของพวกเขาได้นำรัฐธรรมนูญมาใช้ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2519 ภาพเงาสีเหลืองสามเสาตั้งอยู่ในใจกลางธงสีแดงเท่านั้นที่จะถูกแทนที่ด้วยวิหารสีเหลืองห้าเสาเมื่อกองทัพเวียดนามสนับสนุนเวียดนามประกาศสาธารณรัฐประชาชนกัมพูชา ในปี 2522 คู่แข่ง“ รัฐกัมพูชา” (เขมรแดง) และรัฐบาล“ กัมพูชา” (เวียดนาม) ได้จัดตั้งการดัดแปลงธงเพิ่มเติมก่อนการปกครองของสหประชาชาติซึ่งบินธงสีฟ้าอ่อนพร้อมแผนที่รูปเงาของประเทศตรงกลาง สหประชาชาติช่วยยุติความขัดแย้งทางแพ่งและนำประเทศไปสู่การเลือกตั้งโดยอิสระในปี 1993 ธงของปี 1948-70 ถูกยกขึ้นอีกครั้งในวันที่ 30 มิถุนายนของปีนั้น
